正确答案：

(1)人民法院应当告知E公司对ABC会计师事务所和D公司一并提起诉讼，如果E公司拒不起诉D公司的，人民法院应当通知D公司作为共同被告参加诉讼。人民法院可将出资不实的出资人列为第三人参加诉讼。
(2)①根据司法解释的相关规定，ABC会计师事务所可以以“出资人在登记后已补足出资”作为免责的抗辩理由。
②注册会计师不能以“验资报告中已明确了验资报告仅供被审验单位设立登记及据此向出资人签发出资证明时使用”作为免责的抗辩理由。
(3)应付赔偿金额为300万元。本案中，对被审验单位、出资人的财产依法强制执行后仍不足以赔偿损失的金额为400万元，会计师事务所出具验资报告的不实金额为300万元，应以300万元作为ABC会计师事务所应承担的赔偿金额。