考查证券公司承销证券的法律责任，A选项正确。《证券法》第31条规定，证券公司承销证券，应当对公开发行募集文件的真实性、准确性、完整性进行核查。发现有虚假记载、误导性陈述或者重大遗漏的，不得进行销售活动。已经销售的，必须立即停止销售活动，并采取纠正措施。B选项错误，CD选项正确。证券公司与发行人之间是合同关系。《证券法》第30条规定，证券公司承销证券，应当同发行人签订代销或者包销协议，载明下列事项：（1）当事人的名称、住所及法定代表人姓名；（2）代销、包销证券的种类、数量、金额及发行价格；（3）代销、包销的期限及起止日期；（4）代销、包销的付款方式及日期；（5）代销、包销的费用和结算办法；（6）违约责任；（7）国务院证券监督管理机构规定的其他事项。本题目中为包销证券。虽然双方有若由于发行股票的资料的真实性、准确性、完整性以及其他由于承销方过错因其的法律责任由乙来承担的约定，但是依据《证券法》第20条规定，发行人向国务院证券监督管理机构或者国务院授权的部门报送的证券发行申请文件，必须真实、准确、完整。为证券发行出具有关文件的证券服务机构和人员，必须严格履行法定职责，保证其所出具文件的真实性、准确性和完整性。由此，虽然有约定，但发行人甲不能因与他人的约定而免除自己的法定义务和责任。所以本案中对于文件有重大遗漏造成的49万余元的损失，应当由甲实业公司负主要责任，乙证券公司在销售股票前并未发现文件中有重大遗漏，而是在销售中才发现有重大遗漏，属于对文件的真实性、准确性、完整性未尽核查义务，故应当负担次要责任。所以本题目选择错误答案，B选项当选。